接下来，周二狗认为还不足以令军委会难受，又召开参谋会，决定江北部队与新四军部之合作部队可以视情况接受新四军改编，以利于对日军作战的统一指挥。
因为军委会的挤压，让陈毅的新四军平白无故的获得了武穆军连同伤员在内的2万多人，同时还有大批精良的装备。当然，陈毅也投桃报李，为武穆军提供了大批粮食、棉花、食油、中药材及其他物资。
军委会见弄巧成拙，只好再次派何应钦、陈诚、顾祝同、薛岳等人轮番造访武穆军，输送原料物资换取武器弹药，以示修好之意，免得武穆军和新四军完全站在一条船上。
苏南地区被投放了大批细菌弹，造成了大面积的瘟疫，所以畑俊六眼看着武穆军与支那军产生罅隙却不敢派出部队清剿，其实，畑俊六也在忙于扑灭瘟疫，兵力捉襟见肘无力再战，所以很怕自己有限的部队染上瘟疫。
周二狗趁此机会抓紧恢复根据地的各项建设。
各工厂加班加点的生产，大批武器、弹药、装备迅速装备给部队，而且舒金堂组织人员研制出一批实用的新装备：
多功能携行车：在原船型钢锅的基础上加装了可装卸的木轮和把手，既可以做行军锅，也可以作为小型车辆配给步兵班携带班级配属弹药给养，进攻时可以作为活动掩体，还可以作为容纳2人的小型舟船，木轮不怕枪弹，加上轴承还算轻便。
钢盾：弧形钢板制成，分大小两种，有特制把手和支撑，小号的可做单兵盾牌，大号的在手推车上做掩体，还可以在构筑工事时作为防炮洞的加固材料。
敢死衣：钢制马甲，加护腿、护臂，与钢盔配套使用，用于攻坚战的尖兵、爆破手使用。
攻坚车：带4个钢轮的一段铁轨，用标枪飞雷或流星飞雷发射部驱动，用来蹚开敌人的雷区、鹿砦、铁丝网等障碍，也可以用手推车加长臂杆推动。
枪榴弹：分为榴弹型和爆破型，与长、短猎枪、步枪配套使用，比掷弹筒射程远，容易瞄准，可以直射、曲射，可枪、炮两用，长短猎枪也相应的配反后坐力缓冲支架，直射射程120米，最远210米。
舒金堂又调回太湖湖防大队的李光大，将缴获的鬼子飞机发动机、金属材料利用起来，改造出3艘50余吨的快船，装备了速射炮，重机枪、鲸鱼飞雷。
当局面稳定后，武穆军因为损失了大量兵员、装备，实力大打折扣，周二狗再次召开参谋会，调整发展策略：苏南根据地转入战略防御，部队根据战略需要调整编制、人员、装备。
一、编制调整为第三战区苏南警备司令部，司令周二狗，副司令
兼总指挥赵大虎，参谋长向青云，副参谋长欧阳城，总顾问曾琪，内部仍称“武穆军”。下设参谋部、直属总队、守备总队、游击总队：
1、参谋部：参谋长向青云，副参谋长欧阳城；战略研究处处长
曾琪，编制训练处处长李海阳；作战计划处处长柳承海；通讯联络处处长祖敬，副处长戴衡；气象预报处处长百艺道长；情报档案处处长王一郎；后勤保障处处长齐元凯；财务稽查处处长卢玉喜；军备生产处处长舒金堂，副处长郑奇光、武正堂；军资经理处，处长佟海；卫生医疗处处长马青翰，副处长王紫微；武穆军指挥中心，中心主任向青云；防空指挥中心，中心主任欧阳城；武穆军校，校长周二狗，教务长曾琪；
2、直属总队：总队长赵大虎，下辖：宪兵大队；教导大队；联勤支队；工兵支队；总医院；直属队总计6000余人。
3、守备总队：总队长向青云，下设：守备支队支队长景玉坤、
机动支队支队长柯华。
守备支队：下辖：宝华山江防大队兼镇江守备大队大队长金满楼、太湖湖防大队大队长吴玉文、常州守备大队大队长李虎，吴兴守备大队大队长吴子顺，西山、长兴、宜兴、丹阳、金坛、溧阳、溧水、广德、郎溪、高淳10个守备营；共计12000余人，全部配备美造德制口径的勃朗宁自动步枪、轻机枪，各守备营配属炮兵连3门90mm迫击炮，重机枪连9挺九二式重机枪，连级单位配属流星飞雷，班级单位配属标枪飞雷；以德制弹药的武器为主。
机动支队，下辖：重炮大队大队长王焕凯；装甲大队大队长牛道嘉，；骑兵大队大队长武震；反战车防空大队大队长梁茹香；水兵大队大队长李光大；特战大队大队长端木长烟；3个步兵大队，大队长分别由韩金奎、许继光、段金石担任；装备以日制弹药武器为主。步兵大队被加强的超乎想象：每个步兵班相当于鬼子一个小队的战斗力，一个步兵排相当于鬼子一个中队，一个步兵连相当于鬼子一个大队，一个步兵营相当于鬼子一个联队，一个步兵大队相当于鬼子一个独立混成旅团，整个儿机动支队不足2万人，抵得上鬼子2、3个甲等师团4、5万人。
游击总队：总队长何来富，参谋长柳承海，副参谋长王一郎，下辖6个游击支队，苏皖游击支队支队长刘振江；苏沪游击支队支队长黎甲魁；江皖游击支队支队长赵大个儿；吴杭游击纵队支队支队长魏文扬；东进游击支队支队长王君山；北上游击支队支队长风九钟。为了加强各游击支队的攻击力量，武穆军司令部给各游击支队又配备了大批便于携带的标枪飞雷、短猎枪、枪榴弹，何来富又要求把柳毛儿调来，组建游击总队的特战支队，任游击总队副总队长兼游击特战支队支队长。
二、人员调配：野战军将轻伤员调配给民兵、守备部队，补入守备
部队老兵，改编为守备总队机动支队；各守备营补入野战军轻伤员及民兵，完善建制，其他各部队人员相应整补。
三、各部职责、分工：以守备支队为框架，以机动支队为策应，完
善、巩固苏南根据地防御体系；以游击总队建立对日军的缓冲区，阻击日军进攻并向日占区扩张；直属总队为根据地及各部队提供全面的保障支持。
四、加强苏南根据地守备，由工兵部队为主在根据地各战略要地修
筑永备工事，守备支队负责将根据地内16－－－－40岁男人全部编成民兵进行训练，提高战争潜力。