确定了司长的人选之后，任思齐又从招募的读书人中征辟了一些书吏，幕府的架子算是搭建了起来。军队的事情一律先经过幕府处理，处理不了的事情或者一些大事才需要交到任思齐面前。

除了建立幕府以外，任思齐又对岱山巡检司衙门进行了改制，在岱山巡检司之下设立吏户礼商刑工六曹，全面主管岱山及附属各岛民事。当然按照大明官制，小小的巡检司下面是没有这些机构的，可现在任思齐也不不了许多。因为兵事完全由幕府掌管，没设立兵曹，但多了一个商曹，毕竟现在岱山的支柱是商贸。

任命沙福为岱山副巡检兼户曹主事，负责管理各岛民事，掌管户籍，屯田、赋税征收之事。

任命任峻为吏曹主事，负责官吏的功过升迁监督考评。

任命鄞县童生李克俭为吏曹主事，掌管礼仪教化之事，并管理岱山书院。随着移民的增多，任思齐打算在各岛建立学堂，让所有的孩童都能读上书。

任命胶州吏员柯文哲为刑曹主事，掌管刑狱诉讼。柯文哲为胶州刑房司吏，是少数跟随岱山军南下的胶州吏员之一，熟知大明刑律。

任命陈忠为商曹主事，负责岱山商贸之时，主管货物买卖，罐头工厂。任思齐把海贸货物的购买权也给了他，当然出海贸易不需要他负责。

任命梁九为工曹主事，掌营造，道路桥梁修建，管理各工匠铺。梁九是任思齐这次山东之行的意外之喜，他是京师名匠冯巧的弟子，冯巧曾多次参与皇宫的建筑维修。梁九老家在胶州，当满兵攻占北京之后，因为北京发生了瘟疫，遂把满城百姓赶出了北京。梁九便索性回了胶州老家。若没有任思齐这次山东之行，很多年后，梁九会重新为满清效力，并主持重建太和殿。

在巡检司之下设立六曹之后，岱山所有的民事都由巡检司处理。设立秘书处，任命张蒹葭为秘书长，协助自己处理民事，六曹不能决定之事需要上报秘书处，由张蒹葭负责协调，再报任思齐批准。

在幕府和巡检司之外，另设敌情司，负责谍报工作，兼有监督官吏之责。当然目前的首要任务就是探查敌情，往各地派遣细作。敌情司的主事由安东尼担任。

设立了幕府及重建巡检司之后，岱山的机构总算架设完毕，各种事务以后都有专门机构处理，不用大事小情都拿到任思齐面前。

架子搭起来了，各机构的主管也都任命完毕，下一步就是确定各官吏的级别待遇。

任何一个组织要想健康发展，都必须要明确级别待遇。有了级别，就有了上下尊卑，不同的级别享受不同的待遇，这样每一个下属才会有动力，才会有奔头。

毕竟现在有朝廷在，任思齐不敢做的太过出格，在武将系统中还是采用了明朝的官制。武将的级别分官阶和官职两部分。

官阶采用明朝官阶，从小旗、总旗、副百户、百户、副千户、千户，到任思齐这个游击将军。

官职则为小旗、总旗、队正、营正、镇将，目前岱山军最大的建制就是镇，一镇由五个营组成，士兵五千余人。